Books（著書）
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占部城太郎監訳、占部城太郎、吉田丈人、鏡味麻衣子、石川俊之、岩田智也 共訳「湖と池の生物学ー生物の適応から群集理論・保全までー」 共立出版 2007年９月
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大園享司・鏡味麻衣子 編集 「微生物の生態学（シリーズ現代の生態学 第11巻）」共立出版 2011年3月
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第１章 生態学からみた微生物の世界（大園享司・鏡味麻衣子）
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第5章 鞭毛菌類の多様性と生態系機能（稲葉重樹・松井宏樹・鏡味麻衣子）
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吉田丈人・鏡味麻衣子・加藤元海 編集 「淡水生態学のフロンティア（シリーズ現代の生態学 第9巻）」共立出版 2012年3月
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第16章 植物プランクトンの消失過程と機能（鏡味麻衣子）
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川端善一郎・吉田丈人・古賀庸憲・鏡味麻衣子 編集 「感染症の生態学（シリーズ現代の生態学 第6巻）」共立出版 2016年3月
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第５章 病原生物と宿主が作り出す種間相互作用（佐藤拓哉・鏡味麻衣子）
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第６章 生態系の中の病原生物：食物網・物質循環における機能（鏡味麻衣子・佐藤拓哉）
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鏡味麻衣子監修 ときめく微生物図鑑 山と渓谷社 2016年8月
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鏡味麻衣子 著 「植物プランクトン研究法（生態学フィールド調査法シリーズ）共立出版 2021年3月
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鏡味麻衣子 「藻類大量培養におけるトラブル」 In 藻類培養技術 2021年10月 情報機構
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Akira S Mori, Takehiro Sasaki, Maiko Kagami, Takeshi Miki, Moriaki Yasuhara (2022) "Feedbacks Between Biodiversity and Climate Change" In The Ecological and Societal Consequences of Biodiversity Loss. John Wiley & Sons, Inc., pp281-304.
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Silke Van den Wyngaert, Maiko Kagami (2022) Fungi and Chytrids. In Encyclopedia of Inland Waters, Elsevier.
「植物プランクトン研究法」に記載されている動画のうち， 文章だけではわかりづらい内容について動画を作成しました（学生が担当して作りました）。第３８回個体群生態学会のシンポジウム「新しい分野に挑戦するために」 で発表した内容です。ぜひ本とあわせて動画もご活用ください。
生態学の手法が網羅的に紹介されている「生態系科学手法動画ポータル」サイトでもみられます
作成者：鏡味麻衣子・望月学・寿璐・橋爪達郎・中西博亮・栗山尚子・勝原向日葵（横浜国立大学） 、共著者：瀬戸健介（横浜国立大学）
参考文献：鏡味麻衣子著 「植物プランクトン調査法」 （共立出版）
初報告：第37回個体群生態学会大会 , 2021
プランクトン培養のための培地作成
イントロダクション
植物プランクトンの単離
植物プランクトンに寄生するツボカビの単離・培養
植物プランクトンの継代培養
腐生性ツボカビの単離・培養（釣菌法）
Grant （競争的資金）
科学研究費（科研費）
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2022年度-2025年度 文部科学省 科学研究費補助金 基盤研究B「氷河・積雪生態系における雪氷藻類へのツボカビ感染症の動態解明」14470千円（代表者）
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2022年度-2024年度 文部科学省 科学研究費補助金 基盤研究B「乾燥化と放牧がもたらす生態系機能の変化を管理する：生物多様性に根ざした方策」（分担者，代表 佐々木雄大）
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令和2- 3年度 文部科学省 科学研究費補助金 挑戦的研究（萌芽）「氷河生態系の鍵を握る雪氷藻類寄生性ツボカビの実態解明」6,370千円（分担者、代表 竹内 望）
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令和2- 5年度 文部科学省 科学研究費補助金 基盤研究B「水域生態系の宿主-寄生者系をモデルとした野外生態系動態の制御に向けた枠組み構築」17,290千円（分担者、代表 潮 雅之）
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令和2- 4年度 文部科学省 科学研究費補助金 基盤研究B「ワンヘルスアプローチの具現化に向けた下水管における薬剤耐性細菌の動態解明17,550千円（分担者、代表 松井 一彰）
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平成28-31年度 文部科学省 科学研究費 基盤研究B「植物プランクトンと多様な菌類の寄生関係：変動環境下における感染症動態の解明」14,170千円（代表者）
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平成31-令和3年度 文部科学省 科学研究費 基盤研究B「疫学パラメーターの個体間差異が感染症拡大と生態系全体におよぼす影響の解明」（分担者、代表 龍谷大学 三木健教授）
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平成31-令和5年度 文部科学省 科学研究費 基盤研究S「凝集体生命圏：海洋炭素循環の未知制御機構の解明」（分担者、代表 東大海洋研 永田俊教授）
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平成27年度 文部科学省 科学研究費 国際共同研究加速基金「湖沼および海洋におけるツボカビの多様性と機能評価：検出方法の開発と物質流の定量化（国際共同研究強化）」17,800千円（代表者）
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平成27年度 外国人特別研究員（欧米短期）「Unraveling fungal-driven processes in lake ecosystems by metatranscriptomics」 500千円（受入研究者、来日研究者Dr. Christian Wurzbacher）
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平成25-27年度 文部科学省 科学研究費 基盤研究B 「湖沼および海洋におけるツボカビの多様性と機能評価：検出方法の開発と物質流の定量化」19,900千円（代表者）
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平成25-28年度 文部科学省 科学研究費 基盤研究B 「生物多様性と生態系機能への影響を考慮した湖沼沿岸植生管理に関する研究」15,000千円（分担者、代表 西廣淳）
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平成25年度 JSPS-DAAD二国間受け入れ「Chytridiomycetes on algae and cyanobacteria」500千円（受入研究者，来日研究者 Prof. Hans-Peter Grossart）
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平成22-24年度 文部科学省 科学研究費 若手研究B 「湖沼における菌類の生態および難分解性有機物の分解に果たす役割の解明」 3,000千円（代表者）
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平成22-23年度 JSPS二国間交流事業共同研究:日仏交流SAKURA program「湖沼生態系におけるツボカビの多様性と生態系機能」1,600千円（代表者）
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平成19-21年度 文部科学省 科学研究費 若手研究B 「病原菌の駆動する湖沼物質流の定量化」 5,000千円（代表者）
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平成17-18年度 日本学術振興会 特別研究員(PD)奨励費 「環境変動に伴う水生菌類の増加を介した湖沼食物網の変遷の解明」2,000千円（代表者）
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平成15-16年度 日本学術振興会 海外特別研究員「水生菌類を考慮に入れた湖沼の食物網動態の解明」3,000千円（代表者）
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平成13-14年度 日本学術振興会 特別研究員(DC2)奨励費「琵琶湖生態系の変動の鍵を握る大型植物プランクトンに関する研究」3,000千円（代表者）
一般助成金
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平成31年度-33年度 旭硝子財団（環境フィールド研究 近藤記念グラント）「東京湾における赤潮原因珪藻の真の消費者を探る」4,000千円（代表者）
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平成30年度＆31年度 とうきゅう環境財団（学術研究）「多摩川河口域における水生菌類多様性と有機物分解機能の評価」3,000千円（代表者）
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平成28年度 発酵研究所 一般研究助成「微細藻類に寄生するクリプト菌門の多様性の解明と培養系の確立」3,000千円（代表者）
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平成26年度 河川整備基金 「環境変動に伴うアオコの発生パターンの変遷の解明」1,000千円（代表者）
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平成26年度 日本生命財団若手研究・奨励研究助成「GPS写真システムとハビタットモデルによる市民参加型生物多様性調査・評価システムの開発」1,500千円（分担者、代表 西廣淳）
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平成23年度 河川整備基金 「高密度なオニビシ群落の機能評価：適切な植生管理に向けて」 1,200千円（代表者）
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平成23年度 千葉大学環境リモートセンシング研究センター共同利用研究 プログラム研究「印旛沼における浮葉植物オニビシの繁茂状況の長期変化」100千円（代表者）
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平成21年度 双葉電子記念財団自然科学研究助成「印旛沼における大型植物プランクトンの生態解明および保全に関する研究」 2,000千円（代表者）
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平成21年度 印旛沼環境基金助成金 「印旛沼におけるプランクトン食物網の解明」200千円（代表者）
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平成20年度 印旛沼環境基金助成金「印旛沼の動物プランクトンの分布調査と映像ライブラリの構築」200千円（代表者）
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平成12年 井上科学振興財団、国際研究集会出席旅費援助 100千円（代表者）
学内競争的資金
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平成30年度 横浜国立大学大学院環境情報研究院共同研究推進プログラム「Dark Matter Fungiの正体解明に向けたハイスループット遺伝子解析システムの構築」（代表者）
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平成26年度 東邦大学野外調査経費「手賀沼・印旛沼流域における生物中の放射性セシウム濃度の分布」780千円（代表者）
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平成25年度 東邦大学野外調査経費「リンおよび窒素による植物プランクトンの成長制限—印旛沼および東京湾での実験的検証—」800千円（代表者）
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平成24年度 東邦大学野外調査経費「印旛沼におけるヒシとオニビシの分布および成長特性の違い」900千円（代表者）
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平成23年度 東邦大学野外調査経費「諏訪湖における浮葉植物ヒシの分布および機能の把握」400千円（代表者）
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平成22年度 東邦大学奨励研究 「ミジンコを用いた環境教育プログラムの開発」 1,000千円（代表者）
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平成19年度 東邦大学奨励研究 「カエルの激減を招く寄生性ツボカビの野外動態把握」1,000千円（代表者）
メディア掲載
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オランダの新聞記事 NRC Handelsblad 2004.5.8 "Van de vlo, de alg en de schimmel"
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読売新聞 2007.4.29 「ツボカビ症の抑制、ミジンコが効果？」
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NHK 2007.10.6 サイエンスゼロ「カエルツボカビの最新情報」
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船橋よみうり2009.4.4 「真菌類の検出でポスター賞；天野陽介」
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朝日新聞 2009.5.11 「ひと：ツボカビ研究者」
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子供の科学 2009.4.4 「GoGo！ミルボ」
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月刊かがくのとも 2010.8 「コレ、みたことある？しずくの中」
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北総よみうり 2011.8.19 「水質支える微生物の世界」
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読売新聞 2014.7.31「駆ける：プランクトンの謎解く」